Filtres avancés

Les filtres avancés sont des requêtes conçues par les utilisateurs pour permettre un filtrage libre des variations. Si les filtres rapides sont des filtres pré-configurés permettant d'être appliqués en quelques clics pour affiner davantage les variations affichées dans un tableau, le gros du filtrage dans l'application sera effectué directement ou non par des filtres avancés.

Étant complètement libres, ils peuvent être aussi stringents ou laxistes que le souhaite l'utilisateur et adaptables au contexte d'une interprétation (ex: on ne filtrera pas de la même manière une interprétation dans le cadre d'une DI non spécifique que pour une mononucléose).

Feuille de route

Possibilité d'appliquer des filtres avancés à une interprétation · Détails · Core PR 384
Possibilité d'enregistrer un filtre avancé pour une réapplication ultérieure · Détails · Core PR 416, Front PR 140
Possibilité d'appliquer un filtre avancé enregistré précédemment · Détails · Front PR 140
Possibilité d'ajouter automatiquement un tag aux variations passant un filtre avancé lors d'une interprétation · Détails · #548, Front PR 140
Possibilité de choisir une liste de filtres avancés et de tags avant le calcul d'une interprétation · Détails · #603
Possibilité de configurer un projet pour pré-remplir une liste de filtres avancés aux interprétations en son sein · Détails · 008B09

Ultérieurement

Interface dédiée à la création de filtres complexes
Versionning, description et gestion du partage des filtres complexes enregistrés
Catalogue de filtres pour profiter des expertises externes

Filtres avancés

Un filtre avancé doit permettre à l'utilisateur d'appliquer un filtrage totalement libre à ses interprétations, tant sur sa stringence, le nombre de critères et leur organisation logique.

Il est composé d'un ou plusieurs critère consistant en une colonne, un opérateur et une valeur (ex: gnomad_AF < 0.01)
Ces critères sont organisés par des opérateurs booléens AND, OR, XOR, NOT (ex: gnomad_AF < 0.01 AND (FILTERS contains "PASS" OR DP > 40))
Dans le cadre d'une interprétation, son application entraîne l'actualisation du tableau pour afficher les variations correspondantes

Enregistrement des filtres avancés

Les filtres avancés pouvant rapidement devenir complexes, fastidieux à configurer et étant parfois fréquemment réutilisés, il est nécessaire d'offrir la possibilité d'enregistrer un filtre avancé pour une réutilisation ultérieure.

Exigences

Possibilité de nommer et d'enregistrer un filtre complexe pour une réutilisation ultérieure
Dans le cadre d'une interprétation, possibilité de récupérer un filtre complexe enregistré pour pré-remplir facilement le formulaire de filtres avancés

Contraintes

Le nom du filtre doit être unique

Application automatique de tags

Fondamentalement, le but d'un filtre est de faire remonter des variations ayant plus ou moins de critères en commun (ex: variations rares, variations notées pathogènes dans ClinVar, variations apparemment de novo…). L'application automatique d'un tag aux variations répondant à un filtre avancé permettra :

d'offrir à l'utilisateur une couche d'abstraction sur les filtres complexes (possibilité d'en profiter sans avoir à les configurer soi-même)
de retrouver facilement les résultats de différents filtrages successifs sans avoir à reconfigurer lesdits filtres
de savoir lorsqu'une variation répond simultanément à plusieurs filtres avancés (ex: "de novo" + "patho/likely patho")

Exigences

Possibilité d'ajouter un tag aux variations répondant à un filtre avancé
Ne pas appliquer de doublon lorsqu'une variation répond à un même tag appliqué par
deux filtres différents (ex: tags = ["A", "B", "A"] doit être impossible)

Pré-calcul de filtres complexes

Afin d'éviter à l'utilisateur de devoir appliquer manuellement la suite de mêmes filtres et tags avant de pouvoir commencer leurs interprétations, il doit être possible de spécifier avant le calcul de ces dernières une liste de filtres complexes enregistrés et de tags associés à appliquer dès la création de l'interprétation. Ainsi, lorsque l'utilisateur ouvrira ladite interprétation pour la première fois, ses variations auront déjà été tagguées comme attendu, permettant de débuter directement la fouille sans avoir même à passer par le formulaire de filtre complexe.

Exigences

Possibilité lors de la création d'une interprétation de spécifier un dictionnaire de filtres complexes enregistrés et de tags à appliquer pour chaque filtre dans un attribut prefiltering.

Exemple

Filtre XLR de user1 → appliquer tag XLR
Filtre Clinvar patho de user2 → appliquer tag ACMG4/5
Filtre De novo de user1 → appliquer tag de novo
Filtre Var de novo de user3 → appliquer tag de novo

Variations correctement tagguées lorsque l'interprétation a fini d'être calculée

Configuration d'un pré-calcul par défaut par projet

En routine et dans le cadre d'un contexte diagnostique donné, les mêmes filtres de base sont quasi systématiquement réutilisés. C'est l'une des raisons d'être des projets. Pour éviter à l'utilisateur de renseigner la même liste de filtres à chaque nouvelle interprétation, une liste de filtres et tags à appliquer par défaut peut être spécifiée au niveau du projet pour que chaque nouvelle interprétation créée en son sein hérite de ce prefiltering.

Cette liste par défaut n'est cependant qu'une pré-complétion du formulaire de création d'interprétation et doit pouvoir être outrepassée ou complétée si l'utilisateur le souhaite comme spécifié dans le chapitre précédent.

Si aucune liste n'est renseignée dans le projet, le prefiltering des interprétations associées à ce projet reste vierge par défaut.

Les sous-projets n'héritent pas de cette configuration.

Configuration possible d'un default_prefiltering au niveau des projets
[FRONT] Complétion automatique du champ prefiltering du formulaire de création d'interprétation lors du choix du projet parent
Possibilité de modifier ce champ prefiltering pré-rempli avant le lancement du calcul d'interprétation (ajout de filtre, retrait de filtre, renommage de tag)

Last update: October 4, 2023