Classification ACMG
Présentation générale
Les classes
La classification ACMG est une méthodologie[^1] proposée par l'American College of Medical Genetics afin d'évaluer la pathogénicité d'une variation aussi objectivement que possible. Cela permet de catégoriser les variations en 5 classes (bien que certains laboratoires essaient d'avoir une plus grande finesse pour leurs évaluations comme avec des classes "3+") :
- Benign
- Likely benign
- Uncertain significance
- Likely pathogenic
- Pathogenic
Les critères
La classe d'une variation est décidée à partir d'une liste de critères précis faisant peser la balance dans un sens (P) ou dans l'autre (B).\ Ex : une variation impactant la taille d'une protéine dans un gène où la perte de fonction est un mécanisme causal connu de maladie est considéré comme un indicateur très fort de pathogénicité (PVS) ; à l'inverse, une variation présente chez plus de 5% de la population suffit à catégoriser une variation comme classe 1).
Ces différents critères ont des pondérations différentes :
- BA : Stand-alone
- PVS : Very strong
- PS/BS : Strong
- PM/BM : Moderate
- PP/BM : Supporting
De même chacun de ces critères est numéroté pour renvoyer à une explication précise, ex :
- PS2 = variation de novo avec paternité ET maternité confirmées sans précédent de la maladie dans la famille
- PM6 = variation de novo mais sans confirmation de paternité et maternité
- PP2 = variation faux-sens dans un gène où les faux-sens sont couramment cause de maladie
Le choix de la classe se fait alors selon les critères retenus.\ Ex : une variation est considérée pathogène avec certitude si elle réunit au moins
- 1 PVS + (1 PS ou 2 PM ou 1 PM + 1 PP ou 2 PP)
- ou 2 PS
- ou 1 PS + (3 PM ou 2 PM + 2 PP ou 1 PM + 4 PP)
Tableau des critères
[^1]:Publication des recommandations détaillées