Mettre en place une analyse

Pour l'instant la création des analyses se fait dans l'admin

Note

A Réorganiser !!!

Chargement des factories

Lancer les 2 workers

$ make worker-gateway
$ make worker-computation

Dans l'admin, choisir une factory et sélectionner Load factory

En fonction de la factory, cela va peupler la base de données avec des objets.

Si tout s'est bien déroulé, le state sera SUCCESS

Chargement du VCF

Dans l'admin, sélectionner l'objet Sequencings, ajouter le VCF en PJ et lance load sequencing

Récupération ou Création des Variant
Récupération ou Création des Sample
Création des SampleRecord

Faire correspondre les Sample créés (si il y en a) avec des patients

Création de l'analyse

Lors de la création de l'analyse, on va déterminer les différentes annotations et les différents filtres à appliquer sur le patient et les samples associés. -> Création des AnalysedSample (M2M entre Analysis et Sample)

1- Load Samples

Pour chaque analyse, on va appeler la fonction load_samples qui va lancer la tâche analysis_load_samples_by_region en async pour chaque Region

-> Cela va créer des AnalysisRecord (M2M entre Analysis et Variant) et des AnalysedSampleRecord (M2M entre AnalysisRecord et SampleRecord) -> build_metadata pour les AnalysisRecord récupérés ou créés

2- Build Steps

Il y a 2 types de steps, les AnnotationStep et les FilterStep

Pour les AnnotationStep:

On load() en async chaque step, on check s'il y a un parent

i oui, on raise une erreur `step.NotReady` et on retry jusqu'à ce que le step parent soit
prêt

Sinon on lance `process()`

Cela va déclencer le chargement en chaine (Celery) des fontions suivantes

A- annotation_step_build_node_records

Pour la fonction annotation_step_build_node_records

i il y a un parent on récupère les `AnalysisRecord` du step parent

Sinon les `AnalysisRecord` du step actuel

Pour tous ces AnalysisRecord et si le NodeVariantFlag est prêt on va créer ou récupérer des NodeVariantFlag, si on vient de le créer on va appeler la fonction build_records qui va appeler en chaine (celery) les fonctions suivantes:

a - node_variant_flag_build_parent_node_records

i pas de parent on ne fait rien

Sinon on récupère ou on créé le `NodeVariantFlag` parent

Pour tous les NodeVariantFlag parents créés on va lancer la fonction build_records

b - node_variant_flag_build_primary_node_records

n va récupérer les `primary_objects` pour chaque factory et on va créer des `NodeRecord`
à partir d'un `Variant`

c - node_variant_flag_build_secondary_node_records

n va récupérer les `secondary_objects` pour chaque factory et on va créer des `NodeRecord`
à partir d'un `parent_node_record`

B- annotation_step_load_primary_node_records

i il y a un parent on récupère les `AnalysisRecord` du step parent

Sinon les `AnalysisRecord` du step actuel

Pour tous ces `AnalysisRecord` on va récupérer les `NodeRecord` associés au node du step et au variant

-> Création du `StepRecord`
-> Création du `StepNodeRecord` (M2M entre le StepRecord et le NodeRecord)

C- annotation_step_load_secondary_node_records

i il n'y a pas de parent on return

On récupère les `StepRecord` du parent

Pour les `StepRecord` du parent, on va récupérer le `AnalysisRecord` associé

Pour tous ces `StepRecord` on récupére les secondary_node_records

Si il y a des secondary_node_record:

    Pour tous les secondary_node_record récupérés

    -> Création des `StepRecord` associés

    Pour tous les `StepRecord` que l'on récupère chez le parent, on va récupérer les `NodeRecords` associés et ajoutés les informations du secondary_node_record
    -> Cela va créer des StepRecord avec plusieurs StepNodeRecord associés (celui du parent et celui du step actuel)

Sinon:
    On recréé les `StepRecord` du parent

Pour les FilterStep:

On load() en async chaque step, on check s'il y a un parent

On supprime les `StepRecord` du step (si il y en a)

On récupère les objects `conjunctions` et `disjunctions` et on construit les
variables `q_NOT_AND` et `q_AND`

Si il y a des parents
    On récupère les `StepRecord`, on les filtres avec `q_AND` et on exclus avec `q_NOT_AND` et on recréé les `StepRecord` et les `StepNodeRecord`

Sinon on récupère les `AnalysisRecord` et on recréé les `StepRecord` par batch en appliquant les filtres `q_AND` et `q_NOT_AND`

Last update: October 4, 2023